La Rectoría de la Institución Universitaria EAM está ubicada en la oficina 102 del bloque A. Esta dependencia preside los consejos Directivo y Académico, y a ella están adscritas las vicerrectorías Académica y Administrativa y Financiera y la Secretaría General. Además, de la Rectoría dependen las dependencias de Planeación y Desarrollo, la Oficina de Control Interno, la Secretaría General y la ORI.
El rector cuenta con un equipo humano interdisciplinario enfocado en fortalecer el desarrollo y la proyección de la institución a través del apoyo ofrecido a estudiantes y egresados en la materialización de sus ideas de negocio y proyectos.